Sekretariat dipimpin oleh seorang Sekretaris yang merupakan unsur staf yang berada di bawah dan bertanggung jawab kepada Kepala Badan. Sekretariat mempunyai tugas melakukan pelayanan teknis dan administrasi kepada seluruh unit organisasi di lingkungan Badan Keuangan Daerah. Untuk melaksanakan tugas dimaksud pada ayat Sekretariat menyelenggarakan fungsi:
- pengoordinasian penyusunan rencana, program dan anggaran bidang keuangan;
- pembinaan dan pemberian dukungan administrasi yang meliputi ketatausahaan, kepegawaian, keuangan, kerumah tanggaan, kerja sama, hubungan masyarakat, arsip dan dokumentasi;
- pembinaan dan penataan organisasi dan tata laksana;
- pengoordinasian dan penyusunan peraturan perundang-undangan;
- pengelolaan barang milik daerah/kekayaan negara; dan
- pelaksanaan fungsi lain yang diberikan oleh atasan sesuai dengan tugas dan fungsinya.